Quando registrado no regime CLT na carteira de trabalho, alguns direitos são resguardados por lei, e não podem ser mudados em um acordo entre empregador e empregado:

-Aviso prévio
-Licença-maternidade
-Licença-paternidade
-Férias anuais de 30 dias, remuneradas com 1/3 a mais
-Repouso semanal remunerado
-Adicionais de insalubridade, periculosidade ou penosidade

Referências: CLT e Senado Federal